Abdulilah Ece

abdulilah ece - Biruni Üniversitesi
ABDULİLAH ECE YARDIMCI DOÇENT E-Posta Adresi : [email&#;protected] Telefon (İş) : Telefon (Cep) : ******* Faks : Adres : * Yurt içi/Yurt Dışı Üniversitelerde veya Diğer Kurumlarda yönetilen tezler Faika Başoğlu, Yeni keton-hidrazon ve spirotiyazolidinon türevlerinin sentez, yapı tayini ve biyolojik aktivite çaışmaları, İSTANBUL ÜNİVERSİTESİ/ECZACILIK FAKÜLTESİ/ECZACILIK MESLEK BİLİMLERİ BÖLÜMÜ/FARMASOTİK KİMYA ANABİLİM DALI/ (Devam Ediyor) Projelerde Yaptığı Görevler: 1. 2. 3. Ece Abdulilah, Pejin Boris (). A computational insight into acetylcholinesterase inhibitory activity of a new lichen depsidone. Journal of Enzyme Inhibition and Medicinal Chemistry, 30(4), , Doi: / (Yayın No: ) 2. Pamuk Deniz, Taşdemir İbrahim Hüdai, Ece Abdulilah, Canel Esin, Kılıç Esma (). Redox Pathways of Aliskiren Based on Experimental and Computational Approach and Its Voltammetric Determination. Journal of the Brazilian Chemical Society, 24(8), , Atıf Sayısı: 2, Doi: / (Yayın No: ) 3. Ece Abdulilah, Sevin Fatma (). The discovery of potential cyclin A/CDK2 inhibitors: a combination of 3D QSAR pharmacophore modeling, virtual screening, and molecular docking studies. Medicinal Chemistry Research, 22(12), , Atıf Sayısı: 4, Doi: /sy (Yayın No: ) 4. Zorluoğlu Seraceddin Levent, Taşdemir İbrahim Hüdai, Ece Abdulilah, Kiliç Esma (). A cooperative computational and experimental investigation on electrochemical behavior of metoprolol and its voltammetric determination. Canadian Journal of Chemistry, 91(10), , Atıf Sayısı: 5, Doi: /cjc (Yayın No: ) 5. Tasdemir Ibrahim Hudai, Ece Abdulilah, Kilic Esma (). Experimental and Theoretical Study on the Electrochemical Behavior of Zofenopril and its Voltammetric Determination. Current Pharmaceutical Analysis, 8(4), , Atıf Sayısı: 4, Doi: / (Yayın No: ) 6. Ece Abdulilah, Sevin Fatma (). Exploring QSAR on 4-Cyclohexylmethoxypyrimidines as Antitumor Agents for Their Inhibitory Activity of CDK2. Letters in Drug Design & Discovery, 7(9), , Atıf Sayısı: 3, Doi: / (Yayın No: ) 7. Sokmen Ilkay, Ece Abdulilah, Duz Bulent, Sevin Fatma (). Reaction of Atomic Carbon with Isomeric Cresols. Letters in Organic Chemistry, 6(8), , Atıf Sayısı: 1, Doi: Uluslararası hakemli dergilerde yayımlanan makaleler: / (Yayın No: ) 8. Düz Bülent, Elbistan Can Koray, Ece Abdulilah, Sevin Fatma (). Application of carbon arcgenerated Mo- and W-based catalyst systems to the ROMP of norbornene. Applied Organometallic Chemistry, 23(9), , Atıf Sayısı: 9, Doi: /aoc (Yayın No: ) 9. Düz Bülent, Yüksel Dilek, Ece Abdulilah, Sevin Fatma (). The first example of tungsten-based carbene generation from WCl6 and atomic carbon and its use in olefin metathesis. Tetrahedron Letters, 47(29), , Atıf Sayısı: 4, Doi: /monash.pw (Yayın No: ) B. Uluslararası bilimsel toplantılarda sunulan ve bildiri kitaplarında (proceedings) basılan bildiriler : 1. ECE ABDULiLAH, MIAH MD ABDULMANNAN, AYDOĞDU CEMİL, DÜZ BÜLENT, SEViN FATMA (). Carbon Arc Reactor and Its Use In Metathesis Reactions. 18th International Symposium on Olefin Metathesis and Related Chemistry (ISOM XVIII) (Poster)(Yayın No) 2. ECE ABDULİLAH (). Turkey's Country Report (Short Seminar). Training Course on Computer Design and Discovery of Potential Drugs for Developing Countries (Sözlü Bildiri)(Yayın No) 3. ECE ABDULiLAH, SEViN DÜZ FATMA (). Exploring 3D-QSAR Pharmacophore Mapping of Pyrimidine derivatives for CDK2/cyclin A inhibition Using HypoGen Technique. "2nd Conference on Drug Development for the Third World: from Computational Molecular Biology to Experimental Approaches" (Poster)(Yayın No) 4. ECE ABDULiLAH, ELBiSTAN CAN KORAY, DÜZ BÜLENT, SEViN FATMA (). Application of caron arc generated Mo and W based catalyst systems to the ROMP of norbornene. NATO Advanced Study Institute on "Green Metathesis Chemistry: Great Challenges in Synthesis, Catalysis and Nanotechnology" (Davetli konuşmacı)(Yayın No) 5. ECE ABDULiLAH, SEViN FATMA (). A QSAR Study of 2-arylaminocyclohexylmethoxy-5nitrosoaminopyrimidine inhibitors of cyclin-dependent kinase 2. International Conference on “Drug Design and Discovery for Developing Countries“ (Poster)(Yayın No) 6. ECE ABDULiLAH, DÜZ BÜLENT, SEViN FATMA (). Experimental and computational studies on the reaction of atomic carbon with aniline. International Symposium on Reactive Intermediates and Unusual Molecules (ISRIUM 07) (Poster)(Yayın No) 7. ABDULiLAH ECE, TUBA TASKIN (). Turkey's Country Report (Short Seminar). Training Course on Molecular Design and Computer-assisted Combinatorial Chemistry (Sözlü Bildiri)(Yayın No) 8. ECE ABDULiLAH, ELBiSTAN CAN KORAY, DÜZ BÜLENT, SEViN FATMA (). Molybdenum-based carbene generation from MoCl5 and atomic carbon and its use in ROMP of Norbornene. New Frontiers in Metathesis: From Nanostructure Design to Sustainable Technologies from Synthesis of Advanced Materials (Poster)(Yayın No) D. Ulusal hakemli dergilerde yayımlanan makaleler : 1. ECE ABDULİLAH E-Pharmacophore Mapping Combined with Virtual Screening and Molecular Docking to Identify Potent and Selective Inhibitors of P90 Ribosomal S6 Kinase (RSK). Turkish Journal of Pharmaceutical Sciences (Kontrol No: ) Editörlük 1. Turkish Journal of Biology (SCI-Expanded), Dergi, Konuk Editör, TÜBİTAK Hakemlik 1. Journal of Molecular Modeling (Ocak ). 2. Research on Chemical Intermediates (Mayıs ). 3. Scientia Pharmaceutica, The Austrian Journal of Pharmaceutical Sciences (Kasım, ). 4. Natural Product Research (Şubat,). Üniversite Dışı Deneyim Doping Numunesi Alım Görevlisi Bağımsız Doping Numunesi Alım Görevlileri Başkanlığı, Görevlendirmeyle ulusal-uluslararası spor müsabakaları veya sporcu kamplarına gidilip doping numunesi alım işlemleri gerçekleştirildi, (Diğer) Düzenlediği Kurslar 2. Bilgisayar Destekli İlaç Tasarımı Kursu, QSAR, Molecular Docking, Homology Modelling, Biruni Üniversitesi, Kurs, (Ulusal, monash.pw) Bilgisayar Destekli İlaç Tasarımı Kursu, QSAR, Pharmacophore, Virtual Screening, Molecular Docking, Biruni Üniversitesi, Kurs, (Ulusal, monash.pw)

Tez NoİndirmeTez KünyeDurumu
Computer aided drug design study of cyclin dependent kinase 2 (CDK2) inhibitors / Siklin bağımlı kinaz 2 (CDK2) inhibitörlerinin bilgisayar destekli ilaç tasarımı çalışması
Yazar:ABDULİLAH ECE
Danışman: PROF. DR. FATMA SEVİN DÜZ
Yer Bilgisi: Hacettepe Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Kimya Ana Bilim Dalı
Konu:Eczacılık ve Farmakoloji = Pharmacy and Pharmacology ; Kimya = Chemistry
Dizin:Neoplazmlar = Neoplasms Onaylandı
Doktora
İngilizce

s. Siklin bağlı kinazlar (CDK) hücre bölünmesi döngüsünün düzenlenmesinde önemli rol almaktadır. CDK'ların fazla üretimi veya siklin bağlı kinaz inhibitörlerinin (CDKI) yetersiz üretimi hücre döngüsünün bozulmasına ve sonuç olarak kansere yol açabilmektedir. Hücre döngüsünün tekrar onarımı için küçük CDK2 inhibitörlerinin bulunması için bir çok çalışmalar yapılmıştımonash.pw ilk bölümünde, CDK2 inhibitörü olan bazı pirimidin serilerinin, biyolojik aktiviteleri ile fizyokimyasal özellikleri arasında ilişki kurmak için, klasik Hansch analizinden yararlanılarak, pirimidin sınıfı için Nitel Yapı Aktivite İlişkisi (QSAR) çalışması yapılmış ve QSAR modeli oluşturulmuşmonash.pw bölümde, güçlü inhibitör aktivitesine sahip birtakım yeni başarılı bileşiklerin belirlenmesine çalışılmıştır. Bilinen inhibitörler baz alınarak üç boyutlu (3D) farmakofor modelleri geliştirilmiştir. İdeal bir farmakofor modeli oluşturulmuş ve test seti ve Fischer gelişigüzel testi ile doğrulanmıştır. Bu model, sanal taramada Life Chemicals ve NCI databanklarından potansiyel inhibitörleri bulmak için 3D sorgusu olarak kullanılmıştır. Bulunan bileşiklere moleküler kenetleme (docking) çalışmaları uygulanmış ve dikkatli gözlemlemeler, analizler, karşılaştırmalar ve konsensus skor fonksiyonları baz alınarak 11 bileşik elde edilmişmonash.pw bileşiklerin, ilerde sentez de dahil yapılabilecek çalışmalar için CDK2'ye karşı daha güçlü analogların tasarımında büyük katkı sağlayacağı düşünülmektedir. Cyclin-dependent kinases (CDKs) plays important role in the regulation of the cell division cycle. Excessive production of CDKs, or insufficient production of cyclin dependent kinase inhibitors (CDKIs), can lead to a disruption of cell cycle and finally lead to cancer. Efforts have been made in discovering small molecule inhibitors of CDK2 for the purpose of restoring the cell monash.pw the first part of this dissertation, a Quantitative Structure Activity Relationship (QSAR) study was performed so that to correlate the physicochemical properties of some pyrimidine series of CDK2 inhibitors to the biological activity of the compounds by means of a classical Hansch analysis that would lead to a meaningful model of QSAR in the pyrimidine monash.pw second part focuses on identifying a number of new hit compounds with potent inhibitory activity. 3D pharmacophore models were developed based on the known inhibitors. An optimal pharmacophore model was produced and validated using external test set and Fischer?s randomization method. This model was used as a 3D query for virtual screening to retrieve potential inhibitors from Life Chemicals and NCI databases. The hit compounds were then subjected to molecular docking studies and finally, 11 compounds were obtained based on careful observations, analyses, comparisons and consensus scoring monash.pw models give insight in designing more potent analogues against CDK2 prior to undertaking any further research including synthesis.

Yrd. Doç. Dr. Abdulilah ECE Hacettepe Üniversitesi Fen Fakültesi Kimya (İngilizce) Bölümü’nü ’de bitirdi. Aynı yıl, Hacettepe Üniversitesi Kimya (İngilizce) Bölümü Organik Kimya Ana Bilim Dalı’nda lisansüstü eğitimine başladı ve araştırma görevlisi olarak çalışmaya başladı. yılında “An Experimental and Computational Investigation of the Reaction of Atomic Carbon Generated in Carbon Arc Reactor with Aniline” başlıklı tezini tamamlayıp bilim uzmanlığını alarak doktora programına başladı. Doktora konusu olarak dünyada popüler bir konu olan, yeni ilaçların keşfinde ve geliştirilmesinde hem zamanın kısalmasını hem de maliyetin büyük oranda düşmesine yardımcı olan “Bilgisayar Destekli İlaç Tasarımı” konusunu seçmiş, İtalya’da konu ile ilgili alanında söz sahibi bilim insanlarının da bulunduğu kurslarda kısa eğitimler almış ve sonrasında konu ile ilgili İtalya’da kısa seminerler vermiştir. yılında Romanya’da Nato yaz okuluna davetli konuşmacı olatak çağrılan Dr. Abdulilah, Almanya ve İsviçre gibi ülkelerde de bildiriler sunmuştur. ’de yeni anti kanser ilaçların keşfine yönelik olarak çalıştığı “Computer Aided Drug Design Study of Cyclin Dependent Kinase 2 (Cdk2) Inhibitors” başlıklı tezini bitirerek doktor ünvanı almıştır. Hesaplamalı kimya metodlarını (Kuantum Mekaniği, Moleküler mekanik) biyolojik sistemlere uygulayıp ligand ve yapı bazlı ilaç tasarımı, protein ilaç etkileşimleri mekanizmaları gibi konular üzerinde çalışmalarını sürdürmektedir. Ekim ayından itibaren İstanbul Biruni Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Farmasötik Kimya’da yardımcı doçent olarak çalışmaktadır. Çalışma alanları: Bilgisayar Destekli İlaç Tasarımı ve Keşfi (QSAR, Farmakofor, Virtual Screening, Docking), Hesaplamalı Farmasötik Kimya, Hesaplamalı Medicinal Kimya, Organik Kimya İletişim: [email&#;protected]