Kaka Tahlilinde Mikrop

Gaita kültürü ishallerin sebebinin araştırılmasında veya gıda sektöründe çalışan kişilerde yapılan portör araştırmalarında istenen bir testtir. Gaita ya da diğer adıyla dışkı kültürü genellikle ishal olan kişilerde ishale sebep olan mikrobun tespit edilmesi amacıyla yapılır. Gaita kültürü ardından yapılacak olan antibiyogram testi ile enfeksiyona sebep olan mikrobun hangi antibiyotikle ortadan kaldırılabileceği belirlenir. Böylece uygun antibiyotik kullanımı ile hastalık kısa sürede iyileştirilir. 

İshal nedir?

İshaller sulu, mukuslu, kanlı veya kansız dışkılama ile karakterize, günlük dışkılama sayısının arttığı bir durumdur.  Enfeksiyöz ishal de denen mikropların sebep olduğu ishallerde mikroplar genellikle içine mikrop bulaşmış yiyeceklerin tüketilmesi yolu ile vücuda girer. İshallere virüs, parazit veya bakterileri gibi mikroplar yol açar.  Gaita kültürü ishale hastalık yapıcı bir bakterinin sebep olup olmadığının belirlenmesi amacıyla yapılır.

Bakterilerin sebep olduğu ishal belirtileri nelerdir?

İshal başladıktan sonra birkaç gün içinde geçmiyorsa, kanlı ve mukuslu dışkı ile birlikte karın ağrısı, kusma ve beraberinde yüksek ateş de varsa ishale bakterilerin sebep olduğu düşünülebilir. Dışkının mikroskopla incelenmesinde bol miktarda lökosit (akyuvar) veya eritrosit (alyuvar) görülebilir.

Gaita kültürü için dışkı örneği nasıl verilir?

Dışkı örneği laboratuvar tarafından verilen kapaklı bir kap içine yapılmalıdır. Dışkı yapıldıktan sonra kapağı kapalı olarak bir yere bulaştırılmadan en geç yarım saat içinde laboratuvara ulaştırılmalıdır. Eğer bu sürede örnek ulaştırılamayacak ise yine laboratuvar tarafından temin edilen taşıma besiyeri (Carry Blair) kullanılmalıdır. Bu sayede numune 24 saate kadar muhafaza edilebilir.

Gaita kültür örneklerinin red edilmesi ne demektir?

Bazen örnekler laboratuvar tarafından red edilir ve yeniden numune verilmesi istenebilir. Bunun sebebi laboratuvara gönderilen numunenin uygun olmamasıdır. Aşağıdaki durumlarda laboratuvar gaita örneğini red edebilir:

• Dış yüzeyi dışkı ile kirlenmiş örnek kapları
• Laboratuvarın verdiği kaptan farklı bir kaba yapılmış örnekler
• Laboratuvara getirilmeden önce uzun süre bekletilmiş örnekler

Gaita kültürü test sonucu nasıl değerlendirilir?

Kültür işlemi sonucunda hastalığa sebep olabilecek bir bakterinin tespit edilmesi teşhisin kesinleşmesini sağlar. Tespit edilen bakteriye yönelik kullanılabilecek antibiyotiğin belirlenebilmesi için de antibiyogram yapılır. Hastalık etkeninin duyarlı olduğu antibiyotiğin tedavi için kullanılması ile mikrop tamamen ortadan kaldırılabilir. Böylece tedavi etkin bir şekilde yapılır.        

İshal Nedir? Hızlı Tanı Nasıl Konulur?

Ani olarak ortaya çıkan ishal, bize öncelikle bir barsak infeksiyonunu düşündürmelidir. Bu durum bakteriler, virüsler. ya da parazitlerle. ortaya çıkabilmektedir. Su ve yiyeceklerle birlikte ağız yoluyla alınan mikrobik etkenler ana nedendir.

İshal tanısını en geniş ve hızlı şekilde ortaya koymak için en yeni ve etkili yöntem gastrointestinal patojenler multipleks PCR testi’dir. Bu test, moleküler bir yöntemdir ve 17 bakteri, virüs ve paraziti etkin şekilde ortaya koymaktadır. Bu test, moleküler bir yöntemdir ve 17 bakteri, virüs ve parazit etkin şekilde ortaya koymaktadır. Gastrointestinal patojenler multipleks PCR testi ile 9 bakteriyel patojen, 4 viral patojen ve 4 protozoal patojen araştırılmaktadır. İshal tanısı böylelikle hem saatler içerisinde hızlı olarak konulabilmekte, hem de yüksek doğrulukta öğrenilebilmektedir. Gastrointestinal patojenler multipleks PCR testi, kültür gibi klasik yöntemlerden daha hızlı ve etkindir, çünkü antibiyotiklerden etkilenmemektedir. Bu nedenle de, ishal tanısı yönünden yeni ve devrim niteliğinde bir yöntemdir.

Barsak infeksiyonlarının nedenlerini ortaya koymak, çoğunlukla da ishal gibi yakınmaların nedenlerini bulmak için yapılan multipleks PCR testleri, halen bu alanda kullanılan en ileri tanı yöntemidir.

GASTROİNTESTİNAL PATOJENLER MULTİPLEKS PCR TESTİNİN ÜSTÜNLÜKLERİ NELERDİR?
     Barsak infeksiyonlarının nedenlerini ortaya koymak, çoğunlukla da ishal gibi yakınmaların nedenlerini bulmak için yapılan multipleks PCR testleri, halen bu alanda kullanılan en ileri tanı yöntemidir.
       Bu yöntemin, diğer tanı yöntemlerine göre belirgin üstünlükleri bulunmaktadır.
       Bunlar başlıca:
1.    Direkt Tanı Yöntemidir
Multipleks PCR testleri, direkt tanı yöntemidir. Çünkü mikrobun bizzat kendisini, yani DNA veya RNA’sını tespit eder. Diğer tanı yöntemleri gibi, mikroba karşı vücutta oluşan dolaylı reaksiyonları araştırmakla uğraşmaz.

2.    Güvenirliliği Yüksektir
Bu yöntemin güvenilirliği yüksektir. Bunun da nedeni, doğrudan mikrobu saptamasıdır.

3.    Erken Tanı Sağlar
Bunun da nedeni, az sayıda bile olsa mikropların çoğaltılarak ölçülür hale getirilmesidir. Böylelikle, az sayıda bile olan mikroplar saptanır hale gelir. Hastalığın erken dönemlerinde, mikrobun bulaşmasından çoğu zaman 10 gün sonra mikrop saptanır hale gelebilmektedir.

4.    Hızlı Sonuç Çıkarılır
Test sonucu hızlı şekilde ortaya konulur. Saatler içinde, en geç bir-iki günde sonuca ulaşılır. Halbuki diğer tanı yöntemlerinde sonuca ulaşmak için günler, bazen haftalar süren incelemeler yapmak gerekir.

5.    Antibiyotik Verilişinden Etkilenmez
Bu yöntemin kültüre göre en büyük üstünlüğü, antibiyotik verilişinden etkilenmemesidir. Kültür gibi yöntemler, antibiyotik verilişinden etkilenir ve mikrop var bile olsa, antibiyotik kullanılmaya başlanmışsa yokmuş gibi sonuç verir. Yani sonuç, YALANCI NEGATİF’tir. PCR yönteminde ise, mikrop halen canlı olarak var ve faaliyette ise, antibiyotik verilse bile tespit edilebilmektedir.

6.    Hastalığın Takip ve Tedavisinde Kullanılır
Multipleks PCR testleri, takip ve tedavisi sürdürülen hastalarda, mikrobun kaybolup kaybolmadığını ve tedavinin başarılı olup olmadığını anlamak için kullanılır. Bunun için de aralıklı kontroller yapılır.

7.    Çok Sayıda Etken (Mikrop) Tek Bir Çalışmada Ortaya Konulur
Bu yöntemin en büyük üstünlüğü, çok sayıda mikrobun tek bir çalışma ile kısasürede ve yüksek güvenirlikte bir test ile ortaya konulabilmesidir.
Gastrointestinal infeksiyonlar ( Barsak infeksiyonları) multipleks PCR testi ile, 18 mikrop araştırılmaktadır. Bunların 10’u bakteri, 5’i virüs ve 4’ü de parazittir. 18 etkeni, bu genişlikte ortaya koyabilecek başka bir tanı yöntemi şu anda mevcut değildir.
Bu etkenler, aşağıdaki bilimsel bildiride belirtilmektedir.
Bu etkenler şunlardır:
Bakteriler: Campylobacter spp., Clostridium difficile toksin A, Clostridium difficile toksin B, E.coli 0157:H7, Salmonella spp., Yersinia enterocolitica, Shigella/ Enteroinvasive E.coli (EIEC), Shiga toxin producing E.coli(STEC),Enteropatogenic E.coli(EPEC),Enterotoxigenic E.coli(ETEC).
Virüsler: Adenovirus, Rotavirus, Norovirus, Astrovirus, Sapovirus.
Parazitler: Giardia lamblia, Entamoeba histolytica, Cryptosporidium spp, Dientamoeba fragilis.

  GASTROİNTESTİNAL SİSTEM PATOJENLERİNİN MULTİPLEKS PCR YÖNTEMİYLE ARAŞTIRILMASI

            AMAÇ: Çalışmanın amacı, laboratuvarlarımıza gönderilen gastrointestinal sistem infeksiyonu tanılı hasta örneklerinden, multipleks PCR yöntemiyle alınan sonuçların bilimsel ortam ile paylaşılmasıdır.

GEREÇ VE YÖNTEM: Gelişim Tıp Laboratuvarlarına, 2015 başından 2016’nın ilk 8 ayı sonuna kadar gönderilen 379 hasta örneği değerlendirmeye alınmıştır. Çeşitli sağlık kuruluşlarından dışkı örnekleri gönderilmiştir. Örnekler, PathoFinder (Hollanda) firmasının ürettiği Gastro-Finder Real-Time multipleks PCR kiti ile çalışılmıştır. Cihaz olarak, Rotorgene R-T PCR cihazı kullanılmıştır. Gelen örnekler aynı gün çalışmaya alınmış ve ertesi gün sonuç verilmiştir. Kit, 10 bakteri (Campylobacter jejuni, Campylobacter spp., Clostridium difficile Tox. A/B, E.coli 0157:H7, Salmonella spp., STEC, EPEC, ETEC, Shigella spp., Yersinia enterocolitica), 4 protozoon (E.histolitica, G.lamblia, Cryptosporidium spp. ve Dientamoeba fragilis) ile 5 virüsü (Adenovirus, Astrovirus, Rotavirus, Norovirus, Sapovirus) saptanmaktadır.

BULGULAR: 2015 başından 2016 Ağustos ayı sonuna kadar toplam 379 hasta örneği değerlendirmeye alınmıştır. 379 hastadan 158 (%41.7)’i negatif sonuç vermiştir. Pozitif sonuç alınan 221 (%58.3) hastada, en sık görülen etkenler sırasıyla 154 (%40) hastada Salmonella spp., 31 (%8.2) hastada Clostridium difficile toxin A/B, 23 (%6) hastada Norovirus tipleri, 19 (%5) hastada E.coli 0157:H7, 9 (%2.4) hastada Astrovirus, 9 (%2.4) hastada Giardia lamblia, 8 (%2.1) Aeromonas spp., 8 (%2.1) Rotavirus, 7 (%1.8) Dientamoeba fragilis, 5 (%1.3) Campylobacter spp., 4 (%1) E.coli 0157: H7, 4(%1) Shigella spp., 3 (%0.8) Campylobacter jejuni, 3 (%0.8) Yersinia enterocolitica, 2 (%0.5) Enterotoxigenic E.coli (ETEC), 2 (% 0.5) Clostridium spp., 1 (%0.25) hastada Adenovirus şeklindedir.

      SONUÇ: Hastaların % 58.3 gibi yüksek bir oranında patojen etken saptanmasının başarılı olduğu görüşüne varılmıştır. 10 bakteri, 5 virus ve 4 protozoon olmak üzere, 19 civarında patojenin tek multipleks PCR çalışmasında saptanması da olumludur. Tanı güçlüğü olan bu etkenler de, 1 gün gibi kısa sürede sonuca ulaşılması başarılı bulunmuştur. Salmonella spp.’nin %40 oranda saptanması, tüm tipleri kapsadığı için anlaşılır bulunmuştur. Cl. difficile tox. A/B, Norovirus, STEC, Astrovirus, Giardia lamblia oranlarının bilinen klasik etkenlerden yüksek olması dikkat çekicidir ve tanıya yaklaşımın gözden geçirilmesini gerektirir nitelikte bulunmuştur.

      (NOT: Yukarıdaki bildiri, 14-17 Kasım 2016 tarihinde Antalya' da yapılan 37. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Kongresi' nde sunulmuştur)