kaynağı değiştir]
Ana madde: Trasnkripsiyon sonrası modifikasyon
mRNA işlemesi ökaryot, prokaryot ve arkeler arasında büyük farklılık gösterir. Ökaryotik olmayan mRNA'lar transkripsiyon sonrasında olgundurlar ve ender durumlar dışında işlenme gerektirmezler. Buna karşın, ökaryotik pre-mRNA'lar, kapsamlı bir işlenme gerektirirler.
Ana madde: Anlamsızlık aracılıklı yıkım
Ökaryot mesajlar, mesaj içinde erken durma kodonlarına (anlamsız kodonlara) bakan "anlamsızlık aracılıklı yıkım" (İng. nonsense mediated decay) ile denetlenirler. Bu durma kodonları alternatif uçbirleştirme, adaptif immün sistemdekiV(D)J rekombiansyonu, DNA'da mutasyonlar, transkripsiyon hataları gibi nedenlerle meydana gelebilir. Erken bir bitiş kodonunun algılanması halinde, ya 5 uçtan başlık çıkarma kompleksi ile, ya 3' uçtan eksozom ile ya da endonükleolitik kesme yoluyla yıkım ile sonuçlanır.[13]