Peptit Bağı Neyin Yapısında Bulunur
Peptitler insan vücudunda biyolojik işleve sahiptir ve çeşitli aktiviteler için gereklidir. Burada peptit bağı oluşumunun tüm olası olasılıklarını tartışacağız.
Protein, yaşamı sürdürebilen bir komplekstir. Vücutta proteindeki kadar nitrojen içeren başka bir bileşik yoktur. Genel olarak, bir protein bileşiği H, O, N, C ve S'den oluşur. Protein kelimesi, Sindirilmiş anlamına gelen Yunanca PROTAS kelimesidir.
Proteinler ilk olarak Hollandalı kimyager Gerardus Johannes Mulder tarafından tanımlanmıştır. Bu makale peptit bağı oluşumu hakkında kısa bilgi verecektir. Peptit bağının, İzopeptit bağı adı verilen başka bir adı vardır.
Resim Kredisi- Vikipedi
Sağlıklı yetişkin erkeklerde bulunan protein yüzdesi %14'tür. Protein kas dokusunda, dişlerde ve kemiklerde bulunur. Genel olarak peptit bağları, protein sentezi nedeniyle hücredeki ribozomlarda oluşur.
Hakkında daha fazla bilgi Peptid Bond vs Fosfodiester Bond
Peptit bağı oluşumu nedir?
Oluşumu Peptit bağı hücredeki önemli işlemlerden biridir. Vücutta farklı işlevlere sahip 100'lerce peptit vardır.
Peptitler, farklı amino asitlerin kısa zincirleridir. Aralarındaki bağlara peptit bağı denir. Peptit bağı, Amid bağı olarak da bilinir.
Peptid Bond'un iki fonksiyonel grubu vardır: 1) Karboksilik grup 2) Amino grubu. Peptitler her hücrede bulunur ve İnsan Vücudunda önemli bir role sahiptir. Amit bağına Peptit denir. Amino Asitler, DNA'da kodlanmış bir diziye dayalı olarak birbirine bağlanır. Yapı ve fonksiyon açısından birbirinin aynısı olan iki protein yoktur. Amino asitler farklı proteinlerde bulunsa bile, Polipeptitteki amino asitlerin sırası farklıdır; bu, proteini kimyasal olarak çeşitli kılar.
Peptit bağı oluşumunu ne katalize eder?
Oluşumu Peptit bağı peptidil transferaz tarafından katalize edilir, RNA bazlı bir enzimdir.
Proteinler hücrelerin ribozomlarında sentezlenir. Peptit bağı oluşumu, bir ribozomun P bölgesinin amino asitleri ile A bölgesi arasındadır. Bir amino asit, başka bir amino asidin karboksil grubunu birleştirdiğinde, bir peptit bağı oluşur. Proteinli yiyecekler katı kas oluşumuna ve keskin görüşe yardımcı olduğundan, proteinler kişinin diyetinde alınmalıdır.
Peptit bağı oluşumu nerede gerçekleşir?
Hücrede protein sentezi için iyi bilinen cevap Ribozom'dur. Dolayısıyla peptit bağı oluşumu Ribozomlarda da meydana gelir.
Ribozom kelimesi Protein fabrikaları olarak da bilinir. Bunlar protein sentezinin ana bölgeleridir. Peptidil transferaz enzimi yardımıyla peptit bağı oluşumu katalize edilir. İki TRNA'nın yakına getirilmesi işlemi, RNA yardımıyla peptit bağının oluşmasına neden olacaktır.(Ribozim olarak da bilinir)
Peptit bağı oluşum adımları:
Bir peptit bağı, iki amino asit arasında dehidrasyon yoluyla birbirine bağlanır.
Aşağıdaki adımları izleyerek proteinin daha küçük parçalara ayrılması-
Polipeptitlerin Serbest Bırakılması
Proteinlerin, Üre/Guanidin HCl mevcudiyeti ile polipeptit birimlerine hidrolize edilmesi gerekir.
polipeptit sayısı
Dansil Klorür proteine eklenir, özellikle n-terminal amino asitlere bağlanarak dansyl peptidi oluşturur.
Polipeptidin parçalara ayrılması-
polipeptitler iki yöntemle daha küçük dipeptitlere indirgenir-
Kimyasal Bölünme
Bu tür bölünme, hidroliz gibi Siyanojen Bromür (CNBr) gibi peptitlerin oluşumuna yardımcı olur.
enzimatik bölünme
Bu yöntem yaygın olarak Lisin veya Arginin içeren peptit bağını hidrolize etmek için kullanılır. Tripsin, Kimotripsin, pepsin, peptit bağını parçalar.
Peptit Çeşitleri:
- Üç farklı peptit vardır: -
- oligopeptitler
- 10 amino asitten daha az ve ona eşit olan bileşiğe Oligopeptid denir. Örnek- Ceruletid.
- polipeptitler
- Ondan fazla polipeptit bileşiği oluşur. amino asit. Bazı örnekler insülin ve büyüme hormonlarıdır. Bir polipeptidin tek bir uzun zincirine basit protein denir.
- Dipeptitler
- İki amino asit birbirine bağlanana dipeptit denir. Örneğin- yapay tatlandırıcı iki amino asitten oluşur, yani aspartik asit ve fenilalanin.
- Tripeptidler– Örnekler – Glutatyon.
- Bir antioksidan görevi görür ve aşağıdakiler için gereklidir: DNA ve protein sentezi hücre proliferasyonu.
- polipeptidleri– Ex- İnsülin
- Oligopeptitler ve polipeptitler, aşağıdaki gibi bağlantılarla birleştirilir: disülfid bağı peptit bağları oluşturur.
Peptidlerin farklı sınıfları-
Süt proteini: Süt proteinleri bir enzim görevi görür ve sindirim enzimlerinin (Cassin) parçalanması için gereklidir. Proteinleri parçalayan enzime denir. Proteinaz.
Peptonlar: Bunlar, proteolitik sindirim yoluyla hayvan sütünden elde edilir. Peptonlar için gereklidir besin ortamı hazırlık. Glutatyon, Nisin, Lizin gibi bazı peptit türleri vardır. Ex- Sığır eti, Brokoli, Ispanak, Tavuk, Patates, Domates, Portakal glutatyon açısından zengindir. birkaç suşu streptokok laktis nisin oluşturur.
Peptit Bağlarının Özellikleri-
Peptidin Yapısı-
- CO-KÜÇÜK bağa peptit bağı denir. Kovalent bağdır. Peptit üç boyutlu bir yapıdır. UV absorpsiyon bantları ve IR İşlevsellik (Fonksiyonel Gruplar) verir. IR bağlantısının birincil amacı, Amid Bağlantısını tanımlamaktır.
- FISCHER VE HOFL MEISTER– Proteinlerdeki amino asitlerin bir peptit bağı ile doğrusal bir şekilde birleştirildiğini öne sürdüler. Peptidin IR spektrumları yakın bantların olduğunu göstermiştir. 3300 -3100 cm tersi, ikincil aminlerin karakteristik NH gerilmesidir (NH).
- UV: Peptidlerin spektrumları -Proteinler, 180-200nm bölgesi.
- X-RAY kırınım çalışmaları: Aynı şekilde bağ uzunluğunu ve bağ açılarını ortaya çıkarır.
- Peptid yapısı, önce kendisini oluşturan amino asitlere hidrolize edilmiş, ayrılmış ve tanımlanmış olmalıdır. Ör- Glisin ve Alanin birbirine bağlandığında su açığa çıkarırlar. Tüm amino asitlerde aynı olması gerekmez ve farklı da olabilir. Sonraki adım, Polipeptidi oluşturan çeşitli amino asitlerin dizisini belirlemek için önemlidir.
Biyolojik Olarak Önemli Peptitler-
Biyolojik olarak önemli bazı peptitler:
Nöropeptidler kritik davranmak haberciler Oksitosin, Vasopressin gibi Nörosekretuar hücrelerde.
1) OKSİTOSİN- Oksitosin Aşk Uyuşturucu olarak da bilinir. Peptid değildir ve şunları içerir: dokuz alfa amino asit. Bu hormona esas olarak Kadınlarda ihtiyaç vardır. Oksitosin bir peptittir ve beyinde üretilir. Oksitosin oynar Önemli rol üremede. Oksitosin, doğumdan önce uterus kasılmasını uyarır.
2) vazopressin– Aynı zamanda bir Nano peptittir ve şunları içerir: dokuz alfa amino asit. Bu, Hipofiz bezinden salgılanır ve böbreğin İdrardan su tutmasına yardımcı olur.
3) Parvosellüler nöronlar kortikotropin salma faktörü (CRF), Tirotropin salma hormonu, Gonadotropin salma hormonu (GnRH) sentezler.
4) Gastrointestinal Sistem peptitleri– GASTRIN-(10 amino asit)- Salgı salgılanmasına yardımcı olur. Hidroklorik asit Midede.
5) glukagon– (10 amino asit)- Pankreas hormonu ile ilgili glikoz metabolizması. Kan basıncını arttırır ve antidiüretik hormon; Duyusal yollar vazopressin salınımına aracılık eder. Vazopressin hipotalamusta sentezlenir ve arka hipofiz bezinde üretilir. Hem erkekler hem de kadınlar vazopressin üretir.
Resim kredisi-VİKİMEDYA
Amino asitlerde peptit bağı oluşum mekanizması-
Peptit bağı, bir molekülün karboksilik grubu, diğer molekülün amino grubu ile reaksiyona girdiğinde oluşur. Reaksiyon, suyu uzaklaştıran Hidroliz ile devam eder ve bir peptit bağı oluşur. Suda salınması bir amid bağı oluşturacaktır ve bu bağın çıkarılması için esastır. toksinler. Peptit bağı oluşumu, oluşum için temel adımdır. Bu tip reaksiyona kondenzasyon reaksiyonu denir.
Asidik ve birincil grupların suyu uzaklaştırarak yoğunlaşmasına peptit bağı denir. Peptit bağlantısı düzlemsel bir konfigürasyona sahiptir. Peptit oluşumu çok fazla enerji gerektirir. endergonik reaksiyon. Sindirim sırasında gıdalardan çeşitli peptitler elde edilir. Büyüme faktörleri, Hormon, Antimikrobiyal Ajanlar ve Antioksidanlar üzerinde etkilidirler.
GÖRÜNTÜ KREDİSİ-VİKİMEDYA
peptit bağı oluşumudoğal?
geniş aralıkları vardır proteinler dünyada. Bunlar basit proteinler, küresel proteinler ve konjuge proteinlerdir. İlk oluşumu nedeniyle var olurlar. Peptit bağı.
Tpeptit bağı oluşumu kendiliğindendir, ancak süreç yavaştır, peptit bağları oluşturur ve koparır. Doğada üç yüz amino asit vardır.Bunlar arasında sadece 20 amino asit proteinler tarafından kullanılır. Amino asit bağı, amid bağı olarak bilinen katı bir kovalent bağdır. Amino asitler eklendikçe, oluşturulan bağ bir polipeptittir. Sangar'ın testi N-Terminalini belirler.
Dünyada çok çeşitli proteinler vardır. Bunlar basit proteinler, küresel proteinler ve konjuge proteinlerdir. Peptit bağının ilk oluşumu nedeniyle var olurlar. bu ribozom Protein sentezinin birimi olduğu için peptit bağı oluşumunu katalize eder. Peptit bağları, denatüre veya bozunabilir bile olabilir. Bozulma için kullanılan yöntem, Hidroliz.
Hidrolizde, Polipeptit küçük parçalara ayrılır. Protein parçalanması uzun sürelidir ve aşağıdaki gibi bazı enzimler tarafından mümkündür. peptidazlardir. Peptit bağı oluşumu tüm proteinlerde bulunur ve amino asitlerin zincirlere bağlanmasına yardımcı olur. Biuret testi, bir peptit bağını tanımlamak için gerekli testlerden biridir.
Amino asitler, peptit bağları yoluyla birbirlerine kovalent olarak bağlanır. Bir peptit bağı, bir amino asidin karboksil grubunu diğerinin amino grubuna bağlar. Peptitler, iki ila elli monomer arasında değişen küçük amino asit zincirleridir.
Bir peptit bağı, bir su molekülünü serbest bırakan bir yoğunlaşma reaksiyonu yoluyla oluşur. Bir amino grubu ve bir karboksil grubu birbirine bağlandığında, bir amid grubunun oluşumu ile sonuçlanır. Peptit bağı, katı bir düzlemsel yapıya sahiptir ve bir çift bağın bazı özelliklerini gösterir.
Bunun nedeni, karbonil üzerindeki çift bağın, karbon-nitrojen peptit bağı ile bir rezonans yapısı olarak hareket edebilmesidir. Bu rezonans, tekli bağın uzunluğunun azalmasına, çift bağın uzunluğunun artmasına neden olur ve grupların peptit bağı etrafında dönmesini engeller. Peptit bağları cis ve trans biçimlerinde mevcut olabilir.
Cis yapısında, alfa karbonları peptit bağının aynı tarafındadır ve trans konformasyonda bağın zıt taraflarındadır. Peptit bağları, prolinin amino grubunun bağ oluşumuna katkıda bulunduğu durumlar haricinde çoğunlukla dönüşüm yapısında meydana gelir. Peptit bağlarıyla bağlanan amino asitler bir N terminaline ve bir C terminaline sahiptir.
N-terminali, amino grubunun bir peptid bağı oluşumuna dahil olmadığı uçtur ve C-terminali, karboksil grubunun bir peptid bağı oluşumuna dahil olmadığı uçtur. Bir peptit veya proteindeki amino asit dizisi her zaman N-terminali ile başlar ve C-terminali ile biter. İki amino asit bir peptit bağı aracılığıyla birbirine bağlandığında, dipeptitler olarak bilinirler.
Üç ve dört amino asit, peptit bağları aracılığıyla birbirine bağlandığında, sırasıyla tripeptidler ve tetrapeptidler olarak bilinirler. Ve birkaç amino asit peptit bağları yoluyla birbirine bağlandığında, bunlar polipeptitler olarak bilinirler. Peptit bağları, proteazlar olarak bilinen asitler veya enzimler gibi kimyasal katalizörler kullanılarak hidroliz yoluyla hızla parçalanabilir.
Peptit bağının kırılması, bir su molekülünün eklenmesini içerir. Alternatif olarak, bu bağlar su varlığında yavaş bir işlemle kendiliğinden kopabilir.
Ayrıca bakınız[değiştir Peptit bağı
Ribozom tarafından protein sentezlenirken; bir amino asidin amino grubuyla, diğerinin karboksilik asit grubunun bir su çekilme tepkimesiyle birbirine bağlanması ile oluşan kimyasal bağ.
geniş olarak anlatırsak;
Proteinler peptid bağlarıyla birbirine bağlanmış amino asitlerin doğrusal dizinleridir. Peptid bağı bir aa’in α- amino grubuyla diğer bir aa’in α-karboksil grubu arasında meydana gelen Kovalent bağdır.
İki aa, bir dipeptid oluşturmak üzere bir peptid bağla birbirine bağlandığında halen bir uçta diğer serbest bir amino grubu, diğer uçta serbest bir karboksil grubu vardır. Bunların her biri sırayla daha fazla aa’e bağlanabilir.
Böylece uzun ve dallanmamış aa zincirleri, oligopeptidler ve polipeptidler oluşturmak üzere peptid bağlarıyla birbirlerine bağlanabilirler.
Karbon ve azot arasındaki peptid bağı karbonil karbon-oksijen çiftbağına yakınlığından dolayı kısmi çift bağ karakteri gösterir ve rezonans yapılarını mümkün kılar.
Bundan dolayı da C-N ve Cα-C bağları etrafında serbest dönüş meydana gelebilmesi ve dolayısıyla bitişik peptid birimlerinin farklı açılarda olabilmesine rağmen CO-NH atomlarından oluşan peptid birimi nispepten katı ve düzlemseldir.
Amino grubunun H i aynı tarafta olmaktan ziyade neredeyse her zaman karbonil grubunun oksijeniyle yapılan çift bağın karşı tarfafındadır.
Bir protein omurgası katı düzlemsel bağlanmış peptid gruplarının bir dizisidir. Bir polipeptidin omurga komformasyonu her bir aa’in Cα-N bağı ve Cα-C bağı etrafındaki rotasyon açıları veya burulma açılarıyla belirlenir.
Polipeptid zinciri düzlemsel, tamamen uzamış konformasyonda olduğunda φ ve Ψ açılarının her ikisi de 180° olarak tanımlanır.
Ve Cα’dan bakıldığında saat yönüne dönüşte artış olur.
Bir polipeptid omurgasındaki rotasyon açıları olan φ ve Ψ ‘nin konformasyonel aralığı sterik engelleme ile kısıtlanır.
φ ve Ψ'nin sterik olarak mümkün kılınan değerleri, merkezi peptid biçimi için bütün φ ve Ψ değerlerinde ki bir tripeptidin atomları arasındaki uzaklıkları hesaplayarak belirlenebilir. Görselleştirlilmesi ise konformasyon haritası veya Ramachandran grafiği olarak bilinen sterik eş yükselti diyagramı ile sağlanır.
Konformasyon haritasının sadece 3 küçük bölgesinde fiziksel olarak bir polipeptid zinciri oluşturabilir.
Bu bölgeler sağ-el α- sarmalı, paralel ve antiparalel β- kıvrimlı tabakalar ve kollajen sarmalı oluşturan φ ve Ψ değerlendirilir.
nest...
Peptit bağı
Ribozom tarafından protein sentezlenirken; bir amino asidin amino grubuyla, diğerinin karboksilik asit grubunun bir su çekilme tepkimesiyle birbirine bağlanması ile oluşan kimyasal bağ.
geniş olarak anlatırsak;
Proteinler peptid bağlarıyla birbirine bağlanmış amino asitlerin doğrusal dizinleridir. Peptid bağı bir aa’in α- amino grubuyla diğer bir aa’in α-karboksil grubu arasında meydana gelen Kovalent bağdır.
İki aa, bir dipeptid oluşturmak üzere bir peptid bağla birbirine bağlandığında halen bir uçta diğer serbest bir amino grubu, diğer uçta serbest bir karboksil grubu vardır. Bunların her biri sırayla daha fazla aa’e bağlanabilir.
Böylece uzun ve dallanmamış aa zincirleri, oligopeptidler ve polipeptidler oluşturmak üzere peptid bağlarıyla birbirlerine bağlanabilirler.
Karbon ve azot arasındaki peptid bağı karbonil karbon-oksijen çiftbağına yakınlığından dolayı kısmi çift bağ karakteri gösterir ve rezonans yapılarını mümkün kılar.
Bundan dolayı da C-N ve Cα-C bağları etrafında serbest dönüş meydana gelebilmesi ve dolayısıyla bitişik peptid birimlerinin farklı açılarda olabilmesine rağmen CO-NH atomlarından oluşan peptid birimi nispepten katı ve düzlemseldir.
Amino grubunun H i aynı tarafta olmaktan ziyade neredeyse her zaman karbonil grubunun oksijeniyle yapılan çift bağın karşı tarfafındadır.
Bir protein omurgası katı düzlemsel bağlanmış peptid gruplarının bir dizisidir. Bir polipeptidin omurga komformasyonu her bir aa’in Cα-N bağı ve Cα-C bağı etrafındaki rotasyon açıları veya burulma açılarıyla belirlenir.
Polipeptid zinciri düzlemsel, tamamen uzamış konformasyonda olduğunda φ ve Ψ açılarının her ikisi de 180° olarak tanımlanır.
Ve Cα’dan bakıldığında saat yönüne dönüşte artış olur.
Bir polipeptid omurgasındaki rotasyon açıları olan φ ve Ψ ‘nin konformasyonel aralığı sterik engelleme ile kısıtlanır.
φ ve Ψ'nin sterik olarak mümkün kılınan değerleri, merkezi peptid biçimi için bütün φ ve Ψ değerlerinde ki bir tripeptidin atomları arasındaki uzaklıkları hesaplayarak belirlenebilir. Görselleştirlilmesi ise konformasyon haritası veya Ramachandran grafiği olarak bilinen sterik eş yükselti diyagramı ile sağlanır.
Konformasyon haritasının sadece 3 küçük bölgesinde fiziksel olarak bir polipeptid zinciri oluşturabilir.
Bu bölgeler sağ-el α- sarmalı, paralel ve antiparalel β- kıvrimlı tabakalar ve kollajen sarmalı oluşturan φ ve Ψ değerlendirilir.